PyCharmで、ターミナルのPYTHONPATHを設定する方法を書いていきます。
環境変数の編集を開く
PyCharmの設定を開いて、左袖の「ツール > ターミナル」を選択します。

それから、プロジェクト設定の「環境変数の編集アイコン」をクリックします。上の画像だと、赤枠の箇所になります。
PYTHONPATHの追加
環境変数のダイアログが開いたら、+アイコンを押して追加します。

あとは、OKボタンで設定を保存していきます。
動作確認
左下のターミナルアイコンをクリックするとターミナルが開きます。

Windows は PowerShellだったので、以下のコマンドで環境変数の設定を確認しました。
> echo $env:PYTHONPATH .
環境変数が表示されない場合は、exit等でターミナルを閉じて、開きなおすと表示されると思います。
補足
この方法だと、PYTHONPATHをそれぞれの環境で設定する必要があるのが難点かなと思っています。
そもそもPYTHONPATHを設定するべきなのか、いまいち分かっていないところがあります。もし他にも良い方法があれば教えて頂きたいです。