Η διοίκηση του Σ.Π.Α.Υ. ασκείται από το Διοικητικό Συμβούλιο, στο οποίο συμμετέχουν 19 μέλη από όλους τους Δήμους – Μέλη, με πληθυσμιακή αναλογία, οι οποίοι μπορεί να είναι δήμαρχοι και δημοτικοί σύμβουλοι. Τρεις εξ αυτών απαρτίζουν την Εκτελεστική Επιτροπή του Συνδεσμου.