O Movimento de Organização de Base se organiza em núcleos.

Ocupações, assentamentos, comunidades, favelas, bairros da periferia, quaisquer destes espaços podem ser locais de organização de moradores e trabalhadores e demais setores dos oprimidos.

Atualmente temos dois núcleos na cidade do Rio de Janeiro: O núcleo Complexo dos Macacos/CCS, que fica no Bairro de Vila Isabel próximo do Morro dos Macacos e o núcleo Complexo da Penha/Vila Cruzeiro.

No núcleo Complexo dos Macacos o Movimento de Organização de Base atua na organização e gestão coletiva do Pré-Vestibular Comunitário Solidariedade, do Germinar, um trabalho de educação popular com crianças, e realizando as  Oficinas de Direitos do Trabalhador.

No Complexo da Penha o Movimento de Organização de Base atua no campo cultural com o evento “Linha Cultural”, que roda diversas comunidades e periferias divulgando o Hip-hop, o Grafitti e o Break como ferramentas de luta e resistência.