Pendidikan Eddy Keleng Ate Berutu yang diketahui dari sumber publik menunjukkan bahwa ia menempuh pendidikan formal hingga perguruan tinggi. Latar belakang pendidikannya menjadi salah satu dasar dalam perjalanan kariernya di bidang pemerintahan dan pelayanan publik.
Ia menempuh pendidikan dasar dan menengah di Sumatera Utara, kemudian melanjutkan pendidikan ke jenjang perguruan tinggi. Pendidikan tersebut membentuk pemahaman dan pengalamannya dalam administrasi, kepemimpinan, serta pengelolaan pemerintahan daerah yang kemudian diterapkan selama menjabat sebagai Bupati Kabupaten Dairi.
Perlu dicatat bahwa detail lengkap seperti nama sekolah dan universitas secara rinci tidak selalu dipublikasikan secara luas di sumber resmi, sehingga informasi pendidikan yang beredar umumnya disampaikan dalam bentuk ringkasan latar belakang akademik.