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TuGraph Analytics图计算快速上手之K-core算法
作者:郑光杰引言K-Core算法是一种用来在图中找出符合指定核心度的紧密关联的子图结构,在K-Core的结果子图中,每个顶点至少具有k的度数,且所有顶点都至少与该子图中的 k 个其他节点相连。 K-Core通常用来对一个图进行子图划分,通过去除不重要的顶点,将符合逾期的子图暴露出来进行进一步分析。 K-Core图算法常用来识别和提取图中的紧密连通群组,因具有较低的时间复杂度(线性)及较好的直观可解释性,广泛应用于金融风控、社交网络和生物学等研究领域。 K-Core算法介绍一张图的 K-Core子图是指从图中反复去掉度(不考虑自环边)小于 k 的节点之后得到的子图。 比如3-core子图的切分过程如图1所示:图片3-core子图切分过程TuGraph-Analytics实现K-Core算法要运行K-Core算法,我们可以指定使用的图,直接在图查询里调用K-Core算法
GeaFlow
2023-09-04
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轻知识库︱apple.Turicreate关系网络分析以及社群发现
三、关系网络分析——社群发现 这里会介绍基于标签概率社群发现算法和K-core分解模型。 在turicreate之中,两个算法有以下两个关键的擅长之处: 标签概率社群发现算法,有监督学习任务,用于监督性分类模型 K-core分解模型,无监督学习任务,用于聚类 . 1.LabelPropagationModel . 2、K-core decomposition k-core分解 Kitsak等人[1]第一次系统分析了这个问题。 他们指出度和介数往往不能很精确描述一个节点的传播能力,而利用k-core分解,一个节点的核数更好刻画了节点的传播能力。 有点像层次聚类,一步一步删除附近的劣质线条。 主函数: K值越高,网络越核心,k-core值越大表明子网络越处于核心的地位 如果指定了Kmax为20,就像聚类一样,会给每个ID一个标签值,可见:
企鹅号小编
2018-01-26
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从零到壹:Cytoscape插件使用心得~MCODE篇
原理(不愿意看原理,可以跳过) MCODE是通过对网络图中的各个节点的计算节点信息 包括自身在内的邻居接点子图neighbors及其密度density,以该点为种子节点所能扩展出的最大k值的K-core ,其k值水平coreLevel,此K-Core的密度coreDensity以及该节点的score值。 在advanced option里调整K-Core,我个人的理解是K值越大,模块数量会变少,而核心节点所处的子网络结构也越不容易受损,能看出核心模块及节点。
Chris生命科学小站
2023-02-12
12.4K0
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数据挖掘的方法很多,实用易懂的就这一种
7、K-Core 一个图的k-Core是指反复去除“度”小于k的节点后,所余下的子图,所有的节点度数都为k。K-Core算法是简化复杂网络并得到核心子网络的算法之一,其简单有效可以运用到很多领域。 K-Core可以帮助我们从复杂的关系网络中提取高度相关的子结构(如社区、团体、关联企业等)。 如下图所示,使用K-Core算法,我们在一个复杂的关系网络中,找到若干关联度比较高的客户群体。 小结 现在是万物互联的时代,可谓万物皆有关系,关系网络分析可以应用到几乎所有社会活动当中。
数据前沿
2020-04-17
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复杂网络建模解读天水血铅事件中的传播现象
实现算法流程如下:删除所有度 < K 的节点;删除这些节点后,某些邻居可能度也变小了 → 继续删除;重复这个过程直到图中所有剩下节点的度都 ≥ K;得到的子图就是 K-core。 在 NetworkX 中,可以很方便地计算这些指标而不用手动实现: core_numbers = nx.core_number(G) # 每个节点的k-core值 max_k = max (core_numbers.values()) # 最大核心数 k_core_subgraph = nx.k_core(G) # 最大k-core子图 print(f'这是一个 {max_k
月小水长
2025-07-25
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如果RNA的预后分数被做过了!你可以试试这样
通过MCODE插件将上述两个PPI网络图分别导入Cytoscape软件中以构建模块,设置了Degree Cutoff=10,Haircut on, K-Core=2, Node Score Cutoff 这里的Degree Cutoff规定了一个节点得分所需的最小连接数量,得到的模块需要过滤掉节点Degree小于Cutoff的子网;Haircut 移除了一些仅有一条边连接的点;K-Core控制了cluster 的大小,值越大,cluster越小,K-Core的K指每个节点连接的数量,举个例子:三角形(3 nodes, 3 edges)就是一个2-Core(每个节点有2个连接);Node Score Cutoff
科研菌
2020-09-24
1.1K0
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社交图中的社区检测
K核心(K-core)的定义更宽松,它要求K核心的节点至少连接了K个其他成员。还有有一些不算特别流行的宽松的限定,K宗派(K-Clan)要求每个节点在K个步骤(路径长度小于K)内连接每个其他成员。 该社区被定义为发现的K核心(K-core),或K宗派(K-Clan)或K丛(K-plex)。 K-团(K-Clique)渗滤 社区检测的另一种流行方式是在邻近的K-团(K-Clique)上滚动。
52Heartz
2018-05-31
4K0
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SIGIR2021@Elliot | 一个全新且全面的推荐系统Benchmark
之外的其他辅助信息(Side information),比如物品的特征信息以及知识图谱信息等;数据过滤模块提供了按照评分进行过滤的模式(Filter-by-rating)以及按照交互数量进行过滤的模式(K-core
张小磊
2022-02-28
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​cytoscape的十大插件之二--MCODE插件
一般K-core值越大,会排除分值小的子网络,求出来的网络数目更少 如果感兴趣,可以看下各参数含义。http://baderlab.org/Software/MCODE/UsersManual ?
生信技能树
2021-04-29
22.5K1
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寻找核心基因+子网络
基于此研究的前提,本文使用MCODE 对上述 PPI 网络进行模块划分( node score cut-off = 0. 2,K-core = 2) ,共得到 3 个子网,如图 4所示,其中节点颜色由浅到深表示
用户1359560
2020-05-04
3.3K0
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