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FeaturePlot_scCustom作图

在浪费一些时间之后，我发现了有团队推出了FeaturePlot_scCustom() function, 请移步 https://samuel-marsh.github.io/scCustomize/index.html 根据官网的介绍，代码如下：# Show specific features in each sample.p <- FeaturePlot_scCustom(seurat_object = object1 plots <- lapply(1:length(p), function(i) p[[i]])所以最终的代码如下：# Show specific features in each sample.p <- FeaturePlot_scCustom

2024-07-13

4540

标签:

data-visualization

scRNA分析 | 定制美化FeaturePlot 图，你需要的都在这

（2）scCustomize 修改 p11 <- FeaturePlot_scCustom(seurat_object = sce2, features = "CD3D") p22 <- FeaturePlot_scCustom name = "RdBu"), pt.size = 1, split.by = "sample" ,ncol = 4) （2）scCustomize 中FeaturePlot_scCustom 函数，算是修正了这个小bug FeaturePlot_scCustom(seurat_object = sce2, features = "CD3D", split.by = "orig.ident

生信补给站

2023-08-25

12.5K0

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展示你的特征基因：带"辣椒粉"的markers基因umap图

################ umap4：scCustomize library(viridis) library(Seurat) library(scCustomize) # 绘图 p <- FeaturePlot_scCustom 生成一个存储多个ggplot对象的list p_merge <- list() for(i in 1:length(g)) { # 打印动态 print(g[i]) # 绘图 p_merge[[i]] <- FeaturePlot_scCustom 生成一个存储多个ggplot对象的list p_merge <- list() for(i in 1:length(g)) { # 打印动态 print(g[i]) # 绘图 p_merge[[i]] <- FeaturePlot_scCustom

生信技能树

2025-03-11

8210

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5种方式美化你的单细胞umap散点图

marker： ################## umap4：scCustomize library(viridis) library(Seurat) library(scCustomize) FeaturePlot_scCustom 现在找不见了，当时还专门在群里问了来着哈哈哈哈）还可以轻松地修改配色： # 修改颜色 # Set color palette pal <- viridis(n = 10, option = "D") FeaturePlot_scCustom

生信技能树

2025-01-11

11.7K0

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