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TCGA数据挖掘 | Xena - TCGA数据下载

TCGA （The Cancer Genome Atlas）作为目前超常用的癌症基因信息的数据库，有多种肿瘤的表达谱数据，变异信息（mutation，copy number），甲基化信息以及临床信息（人口学信息 TCGA数据下载方式有很多种，本次简单介绍自己喜欢用的方式-使用UCSC xena 网站进行下载。 1，Xena官网浏览器中输入网址 http://xena.ucsc.edu/ ，下拉找到Explore TCGA, GDC, and other public cancer genomics resources 2，选择GDC，然后进入TCGA数据队列列表 ? 其他数据集可根据需要自行常看。 3，选择数据集下拉选择需要的队列，此处以BRCA为例 ? 4，查看数据点击 GDC TCGA Breast Cancer (BRCA) ，进入BRCA数据集，查看有哪些数据 ? 5，下载所需数据选择对应的文件链接，点击即可。

生信补给站

2020-09-02

3.7K0

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R语言TCGA-Assembler包下载TCGA数据

有关TCGA患者条码的信息，请参考https://wiki.nci.nih.gov/display/TCGA/TCGA+barcode。 "TCGA-G5-6572", "TCGA-F5-6812", "TCGA-AF-2692", "TCGA-AG-4021")) # 获取所有膀胱尿路上皮癌(BLCA)患者样本的拷贝数数据。 /ManualExampleData/RawData.TCGA-Assembler",inputPatientIDs = c("TCGA-EI-6884", "TCGA-DC-5869", "TCGA-G5 /ManualExampleData/RawData.TCGA-Assembler",inputPatientIDs = c("TCGA-EI-6884", "TCGA-DC-5869", "TCGA-G5 -A13F", "TCGA-AO-A12B", "TCGA-AR-A1AP", "TCGA-AR-A1AQ","TCGA-AR-A1AS", "TCGA-AR-A1AV", "TCGA-AR-A1AW"

2019-08-07

5.4K0

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TCGA生存分析②

接上文，Kaplan-Meier曲线有助于可视化两个分类组之间的生存差异，当你设置参数pval = TRUE时，可以获得的对数秩检验值有助于探讨不同组之间的生存率是否存在差异。但这并不能很好地评估连续性定量变量的对生存的影响。比如你的某一个node属性取值范围是0-33，这将导致生存曲线图上出现33条生存曲线。如果遇到分组过多或者想要评估多个变量如何协同以影响生存。例如，比如当希望同时检查种族和社会经济状况对生存的影响时就可能需要换种生存分析方法。

2018-12-05

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TCGA生存分析③

TCGA 癌症基因组图谱（TCGA）是国家癌症研究所（NCI）和国家人类基因组研究所（NHGRI）之间的合作，收集了33种癌症类型的大量临床和基因组数据。整个TCGA数据集的基因表达超过2PB，数据类型包括CNV分析，SNP基因分型，DNA甲基化，miRNA分析，外显子组测序和其他类型的数据。可以在cancergenome.nih.gov上了解有关TCGA的更多信息。数据现在位于Genomic Data Commons Portal。有很多方法可以访问TCGA数据而无需实际下载和解析来自GDC的数据。我们将在下面介绍更多这些内容。但首先，让我们看一个R包，它提供方便，直接的TCGA数据访问。 brca 3 1228 TCGA-3C-AALJ 0 brca 4 1217 TCGA-3C-AALK

2018-12-05

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TCGA数据下载：R包TCGA2STAT介绍

上期介绍了若干种获取TCGA数据的方法，今天这期会落点于TCGA2STAT这个R包的介绍上，一步步的来说明下载方法，哪些数据是可以下载到的。 R包的下载 install.packages("TCGA2STAT") 选择如何的镜像，咱们在中国，就选择china，这样的话下载速度会很快，也容易安装R包成功。根据TCGA官网给出的图，介绍了目前收集到的数据情况： ? 纵轴表示收集到的病例数。下面来举一个例子来说明数的下载： library(TCGA2STAT) BRCA <- getTCGA(disease = "BRCA", data.type = "RNASeq",type = "count 语言命令来加载，而且每次使用都必须做加载，命令如下： Sys.setenv(TAR="D:/cygwin64/bin/tar",R_GZIPCMD="D:/cygwin64/bin/gzip") 个人见解 TCGA2STAT

努力在北京混出人样

2019-02-18

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玩转TCGA临床信息

首先我们要从TCGA中下载CESC的临床信息，在TCGA中搜索CESC，选择TCGA-CESC。 ? 选择miRNA样本，点击307这个超链接。 ? 任意选择一个样本，点击进入。 ?

生信交流平台

2020-08-06

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TCGA的Cox森林

Molcular Profile Cox Analysis 输入一个你想要的基因，比如RAC3，`Select Measure for plot可以设置OS，PFI，DSS和DFI`，然后点上方的搜索🔍，就可以看到出的图了需要的结果继续往下滚动鼠标，就可以看到数据了，而且还可以下载数据在这得到数据以后就可以用R画图了，注意，这里的HR和CI都是Log过的结果，跟别的地方计算的Cox结果有些不一样，可能是方法不一样吧，是因为网站计算的HR结果相差太大了吗？由于是log过的结果，所以森林图

派大星在吗

2021-12-06

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TCGA数据整理-3

FALSE,warning = FALSE)``` ### 1.三大R包差异分析 ```{r}rm(list = ls())load("TCGA-CHOL.Rdata [](TCGA-CHOL_heat_ve_pca.png) 分组聚类的热图 ```{r}library(ComplexHeatmap)library

生信菜鸟团

2024-07-11

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TCGA数据整理-2

mp.weixin.qq.com/s/_DtkxSfLGQHcRju66J4yTQ • RSEM：三大R包都可 https://www.jianshu.com/p/46b048220b88 其他来源的转录组数据和TCGA

生信菜鸟团

2024-07-11

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TCGA数据下载方法简介

TCGA数据，指癌症测序数据，TCGA的全称为The Cancer Genome Atlas,癌症基因组图谱（TCGA）是美国国家癌症研究所（NCI）和国家人类基因组研究所（NHGRI）已生成的33种癌症的基因组的关键变化全方位自从2016年6月份去西安第四军医大学上了肿瘤培训的暑期学校，对TCGA数据的研究变开始了。莫名的觉得在这个领域可以做很多工作，贡献很多的力量。哈哈，TCGA数据蕴藏很多宝。下面开始对TCGA数据的下载做介绍。 TCGA2STAT 官网： https://cran.r-project.org/web/packages/TCGA2STAT/ 下载方式： install.packages("TCGA2STAT ") 帮助文档： https://cran.r-project.org/web/packages/TCGA2STAT/TCGA2STAT.pdf TCGAbiolinks 官网： https

努力在北京混出人样

2025-11-03

1.7K0

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