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单细胞测序联合CRISPR技术

研究背景 1 CRISPR工具可与高分辨率表型分析相结合，实现具有丰富信息的基因筛查，提高研究复杂细胞遗传控制的能力。单细胞CRISPR筛选是将CRISPR筛选与单细胞转录组测序（scRNA-seq）相结合，探索基因功能和遗传调控网络的方法。本文提出了一种直接捕获的Perturb-seq筛选方法，结合CRISPR技术与scRNA-seq技术，实现组合遗传扰动的单细胞分析。作者选择对单个基因具有高预测活性的成对CRISPRi和CRISPR激活（CRISPRa）sgRNAs，在K562细胞中进行直接捕获Perturb-seq。 4、使用直接捕获Perturb-seq，针对每个细胞具有多个sgRNAs的单个基因，可以提高CRISPR干扰和激活的效率，促进了紧凑、高度活跃的CRISPR文库在单细胞筛选中的使用。

生信交流平台

2020-08-06

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CRISPR了解一下

今天，小编和大家一起学习CRISPR！在表观遗传学、干细胞、癌症研究如火如荼的今天，大家似乎都把目光投入了更加“高等”的生物。然而原核CRISPR系统的发现和应用却再次证明了“低等”生物的存在感。很多综述里都把CRISPR的起源说在了1987年，还是从我们最熟悉的E.coli,最经典的K-12株系中发现的，但是本着挖祖坟的心态费劲找出这篇26年前的文章来考据，却发现似乎其中只有这一点是与我们的CRISPR 图4原核生物CRISPR获得性系统工作原理图当然，CRISPR也不是原核生物唯一的防御系统，近期的一篇NAR也横向总结比较了真细菌与古细菌的各种免疫机制。但是毫无疑问的是，CRISPR的发现极大的扩充了我们对于原核生物生理机制的认知。跟据最新的官方说法目前，已经在48%的真细菌和95%的古细菌中发现了CRISPR系统。 2007年就有法国的课题组开发了一个CRISPRFinder，让大家上传序列，来鉴定该基因组中是否包含CRISPR。从而统计CRISPR的在原核生物中存在的普遍性。

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2020-09-04

8020

【CRISPR】强大的基因编辑工具

一项叫做CRISPR的DNA编辑技术已快速成为最受欢迎的基因组修饰方法之一。他说：“CRISPR改变了一切，让我们走出了困境。” “CRISPR令基因编辑操作变得简单化。这是一个巨大的变革。”哈伯说。 CRISPR的出现，意味着一些人要放弃他们多年来已经用得相当顺手的技术。而CRISPR对基因编辑所花费的时间只是原先工具的几分之一。两年前，斯卡尼斯采用了CRISPR技术。 Editas是一家开发CRISPR的基因疗法公司。在农业领域内的影响除了对人类DNA细胞的修饰，CRISPR的另一目标是农作物和牲畜。

2018-03-13

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基因组CRISPR序列及Cas酶预测

在CRISPR特征序列附近还有一些CRISPR-associated基因，编码一系列Cas蛋白，合称CRISPR/Cas系统。 ①crRNA的生物学合成 CRISPR区域第一个重复序列上游有一段CRISPR的前导序列，该序列作为启动子来启动后续CRISPR序列的转录，转录成两种RNA，pre-CRISPR-derived RNA 02 CRISPR预测原核生物基因组中可能多处存在CRISPR序列，其预测注释可以使用CRISPRfinder（http://crispr.i2bc.paris-saclay.fr/Server/）在线分析，提交序列后会给出确定的CRISPR序列与可能的CRISPR序列，如下所示：其中左边的为回文重复序列，右边为不同的spacer序列。系统的序列最短长度检测CRISPR阵列： -md：CRISPR重复序列之间允许的错配比例，默认为20 -t：截短的CRISPR重复序列允许的错配比例，默认为33.3 -mr：重复序列的最短长度，默认为

2022-05-05

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深度学习辅助CRISPR系统设计方法总结

作者 | 董靖鑫 CRISPR系统的关键在于能够识别可以高效切割的目标位点，以及候选gRNA在其他基因组位置几乎或没有切割的目标位点。动机预先准确预测sgRNA的靶上敲除效果和脱靶位点优化sgRNA的设计，有助于CRISPR-Cas9在基因编辑上的应用。动机受CRISPR-Cpf1利用深度学习方法提高了预测性能的鼓舞，用深度学习方法进行sgRNA活性预测。 3. 方法图3.1 DeepCas9 架构。动机设计高特异性的SpCas9变体有助于解决Crispr/Cas系统的脱靶问题。由于缺乏向导gRNA的活性知识，高特异性的SpCas9变体的应用受到限制。贡献作者提出了一种混合卷积神经网络(CNNs)和双向门递归单元网络(BGRU)框架C-RNNCrispr来预测CRISPR/Cas9 sgRNA的靶向活性。

2022-11-28

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实操分享-使用MAGeCK分析Bulk CRISPR Screen数据

1- 前言工具介绍 CRISPR 不需要多说关于MAGeCK（取自Chat GPT3.5） MAGeCK (Model-based Analysis of Genome-wide CRISPR-Cas9 Knockout): MAGeCK是一个用于分析CRISPR-Cas9基因敲除筛选数据的计算工具。它能够从大规模CRISPR筛选实验的测序数据中，鉴定出在细胞生存或增殖中起关键作用的基因。补充：是刘小乐（Xiaole Shirley Liu）教授课题组开发的。 2- MAGeCK 学习资料用到的资料：官方的示例数据和代码 https://sourceforge.net/p/mageck/wiki/Home/ 以下公众号文章《CRISPR文库筛选分析1 library如下 Addgene提供的library文件经过编辑也可以使用，拓充了我们library的库~ 链接： Addgene: Broad GPP - Mouse Genome-wide CRISPR

生信菜鸟团

2023-08-23

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Meganucleases、TALEN、ZFN与CRISPR-Cas基因编辑技术概述

依据CRISPR-cas基因座的现行分类，CRISPR系统已被划分为六种不同类型（I-VI），每种类型均运用一组独特的Cas蛋白以及相应的crRNA形式来实现CRISPR编辑功能。当细菌初次遭受病毒（如噬菌体）入侵时，CRISPR系统会捕获病毒基因的一小段序列（即原间隔序列），并将其整合至CRISPR序列的间隔区，进而形成“免疫记忆”。 CRISPR-Cas9技术存在若干局限性：①存在脱靶效应；②PAM序列的要求对编辑范围形成了限制；③需要更为有效的CRISPR/Cas9系统体内递送方法；④存在免疫毒性、DNA损伤毒性等问题。近年来，对CRISPR-Cas9结构和机制的研究持续深入，增进了对CRISPR-Cas9作用机制的理解，为基于结构的理性设计构建了框架。图4：CRISPR-Cas9介导的基因组编辑的机制（JiangF,DoudnaJA.Annu.Rev.Biophys.2017)五、CRISPR-Cas13系统CRISPR-Cas13系统作为一种RNA

EnkiLife恩玑生命

2026-03-30

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几个视频介绍魔剪CRISPR Cas9！

“CRISPR/Cas9技术，是一把“锋利的”基因剪刀手” 2005年，CRISPR这一术语首次问世。这种发现开启了魔盒，CRISPR原理、技术和运用飞速发展。 5G时代了，流量应该不是阻碍大家学习的障碍吧。放几个视频给大家康康，初步了解CRISPR Cas9。视频1：How CRISPR lets us edit our DNA - Jennifer Doudna ▼ CRISPR Cas9原理介绍视频2：CRISPR Cas9 - A Brief Introduction 视频3：CRISPR Cas9 - Methods and Tools 视频4：CRISPR Cas9 - gRNA Design 视频5：CRISPR- Gene editing and beyond 提到CRISPR Cas9，不得不提张锋大佬。

2020-11-02

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使用MAGeCK-VISPR生成CRISPR Screen分析流程

1- 背景介绍刘小乐教授的CRISPR-Screen的分析工具除了MAGeCK之外，还有MAGeCK-VISPR 其实从名称看，我一度以为VISPR就只更加侧重于可视化，但当我实操的时候我发现其可以自动生成

生信菜鸟团

2023-09-19

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光学CRISPR筛选技术揭示埃博拉病毒新靶点

光学池化CRISPR筛选技术识别埃博拉病毒潜在新药靶点研究人员采用一种在某机构开发的光学成像筛选方法，成功识别出当人类基因被沉默时能够削弱埃博拉病毒感染能力的关键基因。这种方法被称为光学池化筛选（OPS），使科学家能够在约4000万个经过CRISPR扰动的人类细胞中测试沉默每个人类基因组基因对病毒复制的影响。研究团队使用CRISPR技术逐个敲除人类基因组中的每个基因，然后用埃博拉病毒感染每个细胞。随后将细胞固定并灭活，以便在高度防护实验室外进行后续处理。通过对所有4000万个细胞中的CRISPR引导RNA部分进行测序，研究人员确定了每个细胞中被沉默的人类基因，从而指示了哪些宿主蛋白（和潜在病毒调控因子）被靶向。

2025-09-21

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