Jason Bourne heeft de vuile was van de illegale clandestiene programma's Treadstone en Blackbriar buiten gehangen. Om zich in te dekken besluit de top van de samenzwering om de overgebleven agenten permanent uit te schakelen. Onder hen bevindt zich Aaron Cross, afkomstig van het Outcome programma, die samen met een hieraan verbonden wetenschapper op de vlucht slaat.