Ботанический институт им. В. Л. Комарова РАН — старейшее научное учреждение России, ведущее свою историю от Аптекарского огорода, созданного Петром I в 1713 г. и ботанических коллекций Кунсткамеры, основанной им же в 1714 г. За почти 300 лет научной деятельности в институте накоплены огромные коллекционные фонды, отражающие разнообразие биоты как России, так и практически всех регионов Земного шара. В институте хранятся, в частности, первые русские естественнонаучные коллекции, связанные с именем Петра I, коллекционные материалы академических экспедиций XVIII века, русских экспедиций в Центральную Азию, экспедиций Переселенческого управления, материалы интенсивных исследований советского периода, личные фонды многих ученых, с именами которых связаны выдающиеся достижения отечественной и мировой науки. Особое значение имеют типовые (автентичные) образцы, по которым были описаны новые для науки виды растений.
Коллекционный фонд БИН РАН содержит около 40% всего гербарного фонда России и состоит из следующих частей (помимо живых коллекций Ботанического сада):
• Гербарные коллекции
• Палеоботаническая коллекция
• Фондовые коллекции Ботанического музея
• Коллекция культур базидиомицетов
| Название коллекции | Объем коллекции, краткое описание | Уникальность коллекции |
| Гербарные коллекции | ||
| Гербарий сосудистых растений | Около 6 млн. образцов | Входит в пятерку крупнейших гербариев мира |
| Микологический гербарий | Около 262 тыс. образцов | Входят в первые десятки коллекций в мире по своим направлениям |
| Лихенологический гербарий | Около 300 тыс. образцов | |
| Бриологический гербарий | Около 420 тыс. образцов | |
| Гербарий и коллекции водорослей | Около 500 тыс. образцов | |
| Палеоботаническая коллекция | Около 120 тыс. единиц хранения | Входит в тройку крупнейших хранилищ ископаемых растений в мире |
| Фондовые коллекции Ботанического музея | ||
| Карпологическая коллекция | Более 36 тыс. образцов плодов и семян, относящихся примерно к 23 тыс. видов | Единственная коллекция данного типа в России |
| Дендрологическая коллекция | Около 12 тысяч образцов древесины деревьев, кустарников и лиан, относящихся приблизительно к 5 тыс. видам растений | Одна из двух коллекций данного типа в России |
| Коллекция экономической ботаники | Образцы растений, используемых человеком, а также продукты и изделия, изготовленные из них — около 12 тыс. единиц хранения | Единственная коллекция данного типа в России |
| Коллекция культур базидиомицетов | Около 1.6 тыс. штаммов высших базидиальных грибов | В коллекции представлен и сохраняется генетический материал грибов, составляющий десятую часть природной микобиоты базидиальных макромицетов России |
Создание информационно-поисковой системы «Каталог образцов фондовых коллекций БИН РАН», работы по дигитализации коллекционных образцов и размещению полной информации об отдельных образцах Коллекционного фонда БИН РАН (приоритет отдается типовым экземплярам) в сети Интернет выполнены в рамках государственного контракта №16.518.11.7071 Федеральной целевой программы «Исследования и разработки по приоритетным направлениям развития научно-технологического комплекса России на 2007—2013 годы» — «Изучение разнообразия современных и ископаемых растений и грибов на основе Коллекционного фонда Ботанического института им. В. Л. Комарова РАН как объекта научной инфраструктуры коллективного пользования».
