僕はいくつかのサイトで使用していますが、特に問題はないようです。
もしかしたらプラグイン同士の関数のバッティング等があるのかもしれません。

注意: このプラグインは現在使用中の WordPress バージョンではテストされていません。
となっております。
また、最終更新: 7か月前です。

私のテスト環境で導入テストしたところ
他のプラグイン（多くは導入していませんが）とコンフリクトしたのか？
管理画面にログインできなくなりました。
（WebFTPで、フォルダ毎削除してことなきを得ましたが、）

代わりでは無いですが、ログイン関連のセキュリティを強化するプラグイン「XO Security」を導入しています。

一応、他のこのコメントを読む方向けに書いておくと、Cocoonが関連しているブロックは、以下の赤枠部分のみとなります。

あと、ツールボタンの以下の部分もCocoonの機能です。