Bug Description

同名文件存在录入问题，复杂目录结构没有得到保留

Steps to Reproduce

(https://github.com/user-attachments/files/25924839/example.py)
使用官方example进行结构测试

Expected Behavior

对上述文件目录进行add_resource的测试中，尝试加入preserve_structure配置来保留原目录的目录结构但是不生效。
期望保留和diag3的目录结构相同

Actual Behavior

[example.py]
同时发现两个同名文件121221.md的内容没用重叠甚至内容层级更深的121221.md没有被录入。以下是viking/resource的目录保留结构

Minimal Reproducible Example

Error Logs

OpenViking Version

0.2.6

Python Version

3.11.1

Operating System

Windows

Model Backend

OpenAI

Additional Context

No response