TLSv1.3のみを許可するようにFTPサーバを設定したところ、TLS AUTHで止まり接続出来ません。
デバッグを有効化すると

>AUTH TLS
234 AUTH TLS 成功
## AttachSSL InitializeSecurityContext error: 80090326.
ログインできません.
## Skt=1256 : Socket closed.

となります。
TLSv1.2を有効化しているとrecvでSYNから始まるSSL証明書を含むパケットデータを受信するのに対して、TLSv1.3のみ有効化しているとNAKから始まる7byteのパケットデータを受信してエラーとなっていました。

この問題はSchannel自体にTLSv1.3に対する対応が無い状況に由来するもので既知と思われますけれど、BoringSSL/OpenSSLを利用したEDGEはTLSv1.3に対応して久しく、仮にこのような状態になった方がいらっしゃった場合現状把握が難しいと思いましたので情報提供を兼ねてご報告させていただきます。