Parallelization of CPPTRAJ for the Dent disease

Profiling
Traça

Inspiració

De tots els reptes presentats els que ens han cridat més l'atenció són els relacionats amb la Malaltia de Dent. No obstant, atenent a que tots els integrants d'aquest grup hem suspès com a mínim una vegada l'assignatura d'introducció al disseny d'interfícies (IDI) de la FIB, el repte de treballar en una visualització intel·ligent de les dades de la Malaltia de Dent va quedar ràpidament descartat. En canvi, l'altre repte relacionat amb la malaltia esmentada anteriorment des de la perspectiva de paral·lelitzar un programa per a realitzar un anàlisi profund de les dades ens va semblar la millor aproximació per a nosaltres, degut al nostre interès en high performance computating.

Què fa

Fonamentalment, l'objectiu ha estat paral·lelitzar tot el procés donat inicialment perquè així el funcionament sigui molt més ràpid.

Com l'hem construït

El camí seguit per tirar endavant el repte en qüestió s'inicia en comprendre el codi i entendre què fa, i així poder plantejar quina és la millor manera de paral·lelitzar el programa. Seguidament hem començat a paral·lelitzar el codi intentant assolir una millora en el rendiment de l'execució.

Dificultats que ens hem trobat

En una primera fase del desenvolupament del projecte el primer obstacle ha estat entendre el codi i el funcionament de tot el programari en el seu conjunt, tenint en compte que es tracta d'una aplicació científica d'alta complexitat ha requerit també d'un canal de comunicació constant amb els impulsors del repte. A més, cal tenir en compte que degut a que no tots els membres del grup estan familiaritzats amb el high performance computing ha calgut passar per una petita fase de formació entre tots. Un cop entès el projecte i amb tots els membres del grup amb uns coneixements suficients ens hem llençat a paral·lelitzar el codi i aquest ha estat el major obstacle que hem trobat, degut que que constantment han anat sorgint errors de compilació, a mes a mes no aconseguíem cap millora del rendiment, ja que es tracta de un codi que no es trivial de paral·lelitzar. Això es deu a que les estructures de dades i la organització del codi haurien de ser modificades, per tal de reduir les dependències entre regions de codi. Nogensmenys la naturalesa del problema dificulta dur-ho a terme ja que incita a la serialització.

Assoliments dels que estem orgullosos

Hem arribat a comprendre les necessitats computacional juntament amb un dels promotors del repte. També ens em fet una idea de quins passos s'haurien de seguir per dur a terme una paral·lelització, que ens ha permès fer una primera implementació tot i que encara no es totalment funcional. Haver obert un canal de comunicació i cooperació el qual ens permetrà poder mantenir el contacte en el futur amb els promotors del repte, que son els usuaris de l'applicació en qüestió, per tal de millorar-ne el rendiment.

El que hem après

En tot el procés de desenvolupament d'aquest projecte hem millorat en les nostres capacitats per entendre i interpretar codis elaborats per tercers, ja que aquest ha estat un pas essencial per iniciar el procés de paral·lelització del programa.